本原住民族溫泉永續發展計劃辦公室，為推動溫泉產業之研究發展業務，結合礦冶、地質、水利、都計、資訊、醫學等專業科技以及物理、化學、生物等基礎科學，甚至為拓展產品市場以及有效管理營運，亦需包括財稅、行銷、金融、工管、企管、會計、國企、資管及法律等之法、商、管理專業學科，構一資源永續的溫泉產業發展體系，為落實專業分工本中心依中心成員之背景專長進行任務分組。分別為：溫泉檢驗分析組、溫泉資源管理組、溫泉規劃經營管理組、溫泉教育與宣導組及溫泉地理空間資訊組。為執行本計劃擬邀集原住民族會、水利署及觀光局官員各1人為官方代表之諮詢委員計3人，顧問公司及中華民國溫泉觀光協會會員3人，本中心研究員及助理計4人，成立「溫泉開發及永續經營輔導團」，提供原住民溫泉區之開發利用與經營管理之諮詢輔導業務。